Bilgem Fen Lisesi’nde bilimsel gerçeklerin farklı bakış açılarıyla sunulduğu fen programlarında uygulama ve laboratuvar çalışmalarına ağırlık verilir. Öğrenim sürecinde her öğrencinin matematik ya da fen derslerinden en az birinden proje çalışmasına katılması sağlanır.
Öğrenciler proje ve seminer çalışmalarını istek ve yeteneklerine göre bireysel olarak ya da grup halinde, öğretmenleri gözetiminde gerçekleştirirler. Ayrıca Bilim Olimpiyatları ve TÜBİTAK Proje Yarışmalarına katılmaları için sunulan çalışmalar, öğrencilerin başarılarının artmasını ve çok yönlü gelişmelerini sağlar.
Öğrenciler, hayallerindeki bilimsel geleceği, eleştirel bakış açısı, objektif öğrenim anlayışı ve araştırma becerisiyle kariyere dönüştürme şansı elde eder.
Lisemiz, 9. sınıftan 12. sınıfa kadar üniversite sınavlarına hazırlık çalışmaları ile okul sonrası ve hafta sonlarında bireysel veya grup halinde etüt çalışmaları düzenler.
Bilgem Fen Lisesi, üniversite sınavlarındaki başarıları ve etkin eğitim öğretim ortamı ile tercih edilen bir okul olarak Türk milli eğitim sistemi içindeki yerini almıştır.